研究院按“双基地”模式建设，“复旦基地”负责组织、支持学校相关专家教授、创新团队对接珠海发展需求；“珠海基地”负责承接和落实学校相关研发成果的转移转化。研究院坚持研发与转化并重，完善对澳合作和人才引培、科技创新、企业引育为重点的“1+3”布局，成为大湾区科技研发、成果转化、人才创新创业的重要载体；聚集更多科学家、企业家和年轻人；力争打造科技创新和成果转化的校地合作典范。

研究院以“技术、转化、创业”（TTE）为使命，主要从事高端人才引进培养、科技成果研发转化和科技企业培育孵化，扎根横琴，服务珠澳，面向粤港澳大湾区，成为与澳门合作的桥头堡。科研领域包括集成电路、人工智能、医疗健康、海洋科技、物联网智慧城市、先进材料、科技金融等。